从应用方面，简单的可以分为两大类，就是工业用内窥镜和医用内窥镜。
关于工业内窥镜的种类，从成像形式分为：光学内窥镜、光纤内窥镜、电子内窥镜、CCD视频内窥镜、CMOS视频内窥镜、电动360°内窥镜 。从内窥镜光源种类分为高频荧光灯内窥镜、光纤卤素灯内窥镜、LED内窥镜
关于医用内窥镜分类，按其发展及成像构造分类：可大体分为3大类：硬管式内镜、光学纤维(软管式)内镜和电子内镜。
医疗检查用内窥镜有许多不同的种类，其分类方法各有不同，一般来讲比较通用的有下列三种分类法。在市场销售方面，目前使用最多的类别以临床上能否改变方向分为硬质镜和弹性软镜两种。
按内窥镜的功能
分为单功能镜及多功能镜。单功能镜是指没有工作通道，仅有光学系统的观察镜;多功能镜指除具有观察镜的功能为，在同一镜身，还具有至少一个以上的工作通道，具有照明、手术、冲洗及吸引等多种功能。
按内窥镜所到达的部位
按内窥镜所到达的部位不同进行分类：分为耳鼻喉内窥镜、口腔内窥镜、牙科内窥镜、神经镜、尿道膀胱镜、电切镜、腹腔镜、关节镜、鼻窦镜、喉镜等。
根据镜身能否改变方向
临床上根据内窥镜镜身能否改变方向进行分类：分为硬质镜和弹性软镜两种。硬质镜(RIGID ENDOSCOPE)为棱镜光学系统，最大优点是成像清晰，可配多个工作通道，选取多个视角。弹性软镜(FLEXIBLE ENDOSCOPE)为光导纤维光学系统，此光纤内窥镜最大特点是镜头部分可被术者操纵改变方向，扩大应用的范围，但成像效果不如硬质镜效果好。